Mikrobiológia mlieka
Samotné dojnice prostredníctvom alveol v mliečnej žľaze produkujú mlieko bez mikroorganizmov. Ale už vo vlastnom vemene sa mlieko infikuje (primárna kontaminácia), takže možno pokladať určité množstvo nepatogénnej mikroflóry za fyziologické. Najvýznamnejšiu skupinu týchto mikroorganizmov v mlieku tvoria tzv. mezofilné baktérie mliečneho kysnutia zastúpené kokovitými a paličkovitými formami. Tieto sa delia na homofermentatívne (fermentujú laktózu na kyselinu mliečnu) a heterofermentatívne (okrem kyseliny mliečnej fermentujú laktózu aj na iné zložky napr. na kyselinu maslovú a etanol). Z kokovitých medzi homofermentatívne patrí rod Streptococcus napr. S. thermophilus, ktorý je termofilný ako aj rod Lactococcuss napr. mezofilné Lc. lactis ssp. lactis, Lc. lactis ssp. cremoris, Lc. lactis ssp. lactis biovar diacetylactis, medzi heterofermentatívne patrí rod Leuconostoc. Paličkovité formy baktérií mliečneho kysnutia sa združujú do rodu Lactobacillus. Z homofermentatívnych baktérii sú v ňom významné termofilné L. bulgaricus, L. acidophilus, L. helveticus a mezofilné L. casei a L. rhamnosus, z heterofermentatívnych mezofilný L. fermentum.
Najväčší podiel mikroorganizmov v mlieku predstavuje sekundárna kontaminácia mlieka pri dojení a ošetrení mlieka a pri skladovaní nedostatočne schladeného mlieka. Odhaduje sa, že pri dojení sa mlieko infikuje desaťkrát viac, ako je fyziologická infekcia vo vemene a ďalšiu desať násobnú infekciu spôsobuje ošetrenie mlieka. Závažná je kontaminácia mlieka, ktoré pochádzajú z bežnej nečistoty maštalí. Činnosť týchto mikroorganizmov sa prejavuje nielen v zdravotnej závadnosti, ale aj v technologickom spracovaní mlieka. Nežiaducu mikroflóru mlieka tvoria často prítomné enterobaktérie rodov Escherichia a Enterobacter (Escherichia coli, Enterobacter aerogenes), ďalej sú to baktérie maslového kvasenia (napr. Clostridium butyricum), proteolytické baktérie (Bacillus subtilis, B mycoides). Prítomné môžu byť rôzne kvasinky a kvasinkové mikroorganizmy (napr. rodov Saccharomyces, Candida) a iné mikroorganizmy. Vďaka súčasnej modernej chladiarenskej technike v procese získavania a spracovania mlieka najvýznamnejšiu z týchto skupín tvoria psychrotrófné mikroorganizmy, ktoré sa môžu pomnožovať i pri nízkych teplotách uskladnenia mlieka, t.j. asi 5°C. Dajú sa síce pasterizáciou ľahko zničiť, avšak produkujú enzýmy lipázy a proteázy, ktoré môžu zapríčiniť chyby chuti mliečnych výrobkov, štiepia zložky mlieka a zachovávajú si svoju aktivitu aj po pasterizácií. Medzi najvýznamnejšie rody spomedzi psychrotrófnych patria napr.: Pseudomonas, Alcaligenes, Flavobacterium, Lactobacillus, Steptococcus Staphylococcus, Micrococcus a iné.
Mlieko ihneď po nadojení obsahuje niekoľko sto až mnoho tisíc mikroorganizmov v 1 ml, z ktorých 90 % je vonkajšieho pôvodu. Zastúpené sú najmä baktérie, menej už kvasinky a vláknité huby, neraz však nechýbajú ani patogénne mikróby kvôli ktorým sa zaviedla tzv. pasterizácia mlieka.